Onder Duits beheer
Etalage Amsterdam 1944.
Na het vertrek van Van der Wal veranderde er in de leiding van het bedrijf eigenlijk maar weinig. Wel moesten Graafstal en Gieskens regelmatig rapporteren aan Emil Köster, die echter vrijwel altijd in Duitsland verbleef.
Veel profijt hebben de nieuwe eigenaren niet gehad van hun aankoop, Zij hadden het bedrijf verworven op een moment dat de omzet sterk begon af te nemen. Ten gevolge van de toenemende schaarste in het bezette Nederland raakte de bedrijfsvoering in zwaar weer: de voorraden waren uitgeput, inkoop van goederen was nauwelijks mogelijk.

Ondanks maatregelen van de Duitsers bleef de verzetsgeest levend in de Bijenkorf.
Ondanks de maatregelen van de Duitsers – het noodgedwongen vertrek van de Joodse medewerkers, de verplichte overdracht van de prioriteitsaandelen aan vreemde nieuwe eigenaars, terwijl de families Isaac en Goudsmit lijdzaam moesten toezien van uit hun tijdelijke verblijf in Amerika, Zwitserland en België – bleef de verzetsgeest levend in de Bijenkorf. Voorraden werden aan het oog onttrokken en op tal van manieren werd het beleid van de Verwaltung ondergraven.
Ook de commerciële inventiviteit was nog onaangetast. Zo kwamen er advertenties en mailings, waarin de klanten werden aangespoord hun garderobe met eenvoudige middelen te vermaken. Met simpele ingrepen het jurkje, de broek of het jasje weer als nieuw te laten lijken, zonder dat er distributiebonnen aan te pas kwamen.
Via een folder met als motto Het is niet zoo moeilijk als het lijkt ,werden de klanten met dertig tips op ideeën gebracht: hoe van een oude herenwinterjas een als nieuwe damesmantel te maken, of twee versleten japonnen om te toveren tot één nieuwe jurk. In een etalage van de Bijenkorf in Den Haag werd getoond hoe uit twee oude beddenlakens een mooie, waterdichte regenjas viel te maken.
Maar hoe inventief men ook was, de voorraden bleven slinken en steeds meer afdelingen moesten worden verkleind of gesloten. Toch waren er afdelingen die minder te lijden hadden. Lezen was in deze zware jaren voor velen een troost, en de vraag naar boeken bleef groot. Een voordeel was ook dat boeken goed nageleverd konden worden. Oud-boekenchef in Amsterdam, Ammerlaan, herinnerde zich hoe zijn afdeling in de oorlog extra magazijnruimte had gekregen en hij dus maar wat meer inkocht om zijn klanten tevreden te kunnen stellen.